Catedrático de Historia Moderna de la Universidad de Valencia, en cuyo Departamento de Historia Moderna se formó, bajo la impronta del profesor Juan Reglá, y donde ha desarrollado su labor docente e investigadora desde 1971, y del que ha sido Director durante cuatro años.

Ha participado y coordinado diversos proyectos de investigación, y en la actualidad dirige el titulado: El Reino de Valencia en el marco de una Monarquía Compuesta: un modelo de gobierno y sociedad desde una perspectiva comparada.

En su tesis doctoral, Moriscos y cristianos en el Condado de Casares, (Córdoba, 1982) estudió la sociedad y la economía de un señorío de la zona occidental del Reino de Granada analizando en especial las relaciones moriscos-cristianos viejos. Se comparaban los dos grupos que convivían en él, y los efectos de la guerra de Granada, deportación de los moriscos y repoblación posterior destacando como estas no tuvieron el carácter catastrófico de otras áreas del Reino.

Con posterioridad, sin abandonar sus investigaciones sobre historia rural, se centró en el estudio de la política morisca de la Monarquía Hispánica, con especial atención al papel de la Inquisición. Ha colaborado con estudios sobre estos temas en la Historia de la Iglesia en España (1979), en la Historia de la Inquisición en España y América, (vols. I, 1984 y III, 2000) y en el libro Les morisques et l'Inquisition (París, 1990), entre otros múltiples congresos y obras colectivas. El resultado global de estos trabajos lo ha expuesto en su libro Heroicas decisiones: La Monarquía Católica y los moriscos valencianos (Valencia, 2001). 

Ha editado la obra de Henry Charles Lea, Los moriscos de España: su conversión y expulsión, (Alicante, 1990 y 2000, la segunda edición); la Coránica de los moros de España de Fr. Jaime Bleda (Valencia 2001), en colaboración con Bernard Vincent, y la de Manuel Danvila y Collado, La expulsión de los moriscos españoles (Valencia, 2007).
Dentro de su dedicación al tema morisco, ha analizado varias de las críticas dirigidas a las invenciones de las reliquias y libros plúmbeos del Sacomonte de Granada, como son las de el jesuita morisco, P. Ignacio de Las Casas, la del licenciado Gonzalo de Valcárcel y la de Gregorio Mayans.

Ultimamente ha estudiado el complejo proceso de planificación de la repoblación del Valencia tras la expulsión de los moriscos, y las tensiones que en la cúspide del gobierno de la Monarquía se producen por el enfrentamiento entre el Consejo de Estado y el de Aragón en su afán de controlar la toma de decisiones. Se trata del trabajo titulado Justicia y gracia: Lerma y los consejos de la Monarquía ante el problema de la repoblación del Reino de Valencia (Madrid, 2008). En el se pone de relieve, en definitiva, el fracaso del plan elaborado bajo la dirección del duque de Lerma y las consecuencias que esto tuvo retrasando la recuperación del Reino de Valencia.

Por otra parte, y fuera de su dedicación al tema morisco, ha finalizado una larga investigación realizada en colaboración con Fernando Andrés, de la UAM, y con Eugenio Císcar sobre la conflictiva visita que Fr. Tomás Gómez realizó al Monasterio de Valldigna entre 1665 y 1668. Se ha preparado una edición crítica del inédito manuscrito autobiográfico de Fr. Tomás Gómez, y una serie de introducciones al texto, publicado por el Servei de Publicacions de la Universitat de València (2008).